人里離れた天空の地『神の指』で暮らす少年パーシバル。１６歳を迎えた日、祖父バルギスから『外の世界の言い伝え』を聞いたパーシバルは、冒険への憧れを膨らませるものの、バルギスを一人には出来ず、その気持ちを抑えこんでいた……。そんな時、パーシバルの前に、言い伝えの一つである『天空を駆ける幻海の舟を操りし騎士』が現れる。

生まれて初めて外の世界に降り立ったパーシバルは、不思議なキツネの後を追う中で、大道芸人のカッツ、エルバ、そしてドニーと出会う。魔法のような不思議な力を使う彼らに、イロンシッドを捜していることを打ち明けるパーシバル。情報を得るために村に向かおうとするパーシバルたちの元に、なぜか慌てた様子の村人がやってきて――

突如パーシバルたちの前に現れた、イロンシッドの同胞を語る黒き鎧の騎士ペルガルド。危機的状況の中で不思議な力に目覚めたパーシバルは、その力を駆使して戦いに挑むが、尚もって力量差は圧倒的で、次第に追い込こまれてしまう。そこに現れたのは、以前パーシバルが出会った不思議なキツネだった。

自らが〈黙示録の四騎士〉であると聞かされたパーシバルは、リオネス王国を目指す途中、悪魔が住むと妖精たちが噂する谷に迷い込んだ。噂の悪魔の正体である薬師ナシエンスに囚われ、モルモットとして怪しげな薬の実験台にされるパーシバル。そんなパーシバルを救出するべく、シンとドニーもまた谷へと足を踏み入れるが……

谷の植物や動物をおかしくしていたのは、怪物となり果てたナシエンスの祖父オルドだった。さらにパーシバルたちの前に姿を現すキャメロットの聖騎士タリスカー。そのタリスカーこそ、オルドを怪物にし、操ってた張本人だと知ったパーシバルとナシエンスは、谷とオルドを救うべく、共に力を合わせることにする。

シスタナの街に現れたイロンシッドは、領主であるカルデンを使い、街の人々にある物を捜させていた。一方、カルデンの娘であるアンは、イロンシッドの企みに人々が利用されていることを見抜き、そのある物を隠す。そんな中、ナシエンスを仲間に加え、リオネス王国を目指すパーシバルたちもシスタナの街にやってきて――

イロンシッドが完成させた『常闇の棺』の儀式により、シスタナの街に混沌の亡者が解き放たれてしまった。儀式の生贄である街の人々をシンに任せ、パーシバルはドニー、ナシエンス、そしてアンと共にイロンシッドの元へ向かう。なんとか『常闇の棺』と奪おうとするパーシバルたちだが、イロンシッドの強さは凄まじく、団結に綻びが生じ始める。

瀕死の重傷を負うも、仲間の想いを力に変える魔力『希望（ホープ）』によって目覚めたパーシバル。一方、街の人々に迫る亡者たちを退けるために奔走するシン。儀式の妨げとなるパーシバルの息の根を止めんと、あらゆる手段を講じるイロンシッド。しかし、パーシバルたちもまた、イロンシッドに対抗するためのある作戦を考えていて――

聖騎士になりたいと望むアンを仲間に加え、リオネス王国を目指すパーシバルたち。道中にあるダルフレア山脈を越えるための準備をすべく、カントの街へ向かう。そんな中、ドニーはアンと同じ様に聖騎士を目指していた頃のことを思い出す。――数年前、ドニーには厳しい聖騎士の師匠と、共に修行に励む兄弟子がいた。

かつての師匠であるハウザーから、聖騎士を諦めた事を責められ逃げ出してしまったドニー。一方、パーシバルたちとハウザーは、かつてのドニーの兄弟子であり、盗賊の頭であるエドリンに囚われてしまう。途方に暮れるパーシバルたちの元へやってくる酒場のマスター。マスターはエドリンの背後にある大きな力について語り始める。

暴れ出したエンシェントドラゴンを止めようと奮闘するパーシバル。同じ頃、牢屋の中のハウザーは、シンからパーシバルが予言の騎士であること、そしてドニーが混沌の騎士から『常闇の棺』を守ったことを聞かされる。ドラゴンの力を前に逃走を余儀なくされるパーシバルたち。そこに、聖騎士の眼差しを取り戻したハウザーがやってきて――

カントの町を出発し、ダルフレア山脈に足を踏み入れたパーシバルたち。険しい山道をゆく途中、パーシバルは不思議な村を見つける。村へと入ったパーシバルとドニーを追おうとするナシエンスとアン。そこへ一人の猟師・アードが現れ、村には入るなと警告する。アード曰く、そこは化け物の巣窟らしいのだが……