春風どれみは魔女にあこがれる小学校の3年生の元気な女の子。でも好きな人に告白もできない自称「世界一不幸な美少女」。マジョリカを魔女と見破ったことがきっかけで、魔女見習いとして修行をすることになったどれみ。さっそく魔法を試してみますが、トラブルを巻き起こしてしまいます。

魔女見習いとしてMAHO堂で働くことになったどれみは、魔法が使えることがうれしくておおはしゃぎ。早速親友のはづきちゃんの悩みを解決しようと、魔法でお互いの姿を交換することに。普段とは違う生活に大いに戸惑う2人ですが、その中で今まで気が付かなかったことをいろいろと感じてゆくのでした。

転校してきたナニワっこのあいこは、思ったことをそのまま口にするので、最初はとまどってしまうどれみ達でしたが、あいこの人柄の良さを知りすぐに仲良くなりました。ある日、あいこの父が授業参観にこれない事を聞き、どれみは魔法でなんとかしようとするのですが…。

魔法を見られてしまったたどれみは、マジョリカの勧めもあり、はづきとあいこと3人で魔女見習いになることになりました。魔法の訓練には魔法玉が必要なりますので、それを買うお金を貯めるために3人はお店を手伝うことになります。そこで、まず趣味の悪いお店を改装するため、マジョリカの居ない間に改装を試みるのでした。

新装開店したMAHO堂は、最初なかなかお客が集まりませんでしたが、3人の努力でお客の呼び込みに成功しました。そんな中、クラスメートの小竹がお店へやってきて、グッズを買っていくのですが、何か訳ありのようです。MAHO堂は強い想いを持つ人を惹き付ける不思議な力があるそうなので、小竹も問題をかかえているようなのです。

クラスメートの信子はあいさつ代りに嘘をつくような女の子ですが、決して人を傷つけるるような嘘はつきませんでした。しかし、あいこの前で自分の父親が亡くなったとの嘘は、母親のいないあいこの逆鱗に触れてしまいました。

9級の魔女試験を受けることになったどれみたち。練習用の魔法玉もたくさんもらい意気込むどれみですが、途中でぽっぷのおつかいの見張りを頼まれてしまったので、魔法の練習がてら、ぽっぷについていくことになりました。しっかりしているとはいえ、ポップはまだ幼稚園児ですので、ぽっぷのいく先々ではさまざまな障害がぽっぷを待ち受けていました。

9級試験に一人だけ落第してしまい、落ち込むどれみとマジョリカ。ところが、デラから試験の追試があることを聞き、再度魔女界へ向かうどれみたち。しかしモタモタが風邪をひいてしまい、追試が中止になってしまったことを聞いたのでした…。

なんとか9級試験に合格したどれみがもらった妖精ドドはどれみににておっちょこちょい。何かとトラブルを起こすドドにどれみは大激怒。ドドは怒って家を飛び出してしまうのでした。

学級新聞記者の島倉かおりの撮った写真で、どれみたちがMAHO堂で働いていることが先生達にバレてしまいまいした。知り合いのお店を手伝っているだけで、アルバイトをしているのではないことを説明して納得してもらいましたが、教頭先生と関先生がお店に挨拶しに来ることになったのでさあ大変。

同じクラスのまりなちゃんは園芸部の女の子で学校の花壇も大切にしていました。しかし木村君の心ない一言が原因で、花壇の手入れを止めてしまうのでした。そんな折、学校には大雨が降り出し、大切な花壇の花が嵐で飛ばされそうになってしまいます。

ある小さな男の子が、大切なお気に入りシャツと交換で、魔法グッズを交換していきました。魔法問屋デラにそのシャツを見積もってもらうと、何やら強い想いが込められているようです。どれみたちは、その男の子の想いが何であるのか気になりましたが、なんとポップのお友達である事がわかりました。