今から数万年前の氷河時代、日本列島は大陸と地続きであった。人類は大陸から移動してきた獲物を追って日本列島にやってきた。これが日本人の先祖である。今から5000年ぐらい前に、人々は家を得て1ヶ所に集まって住むようになり、土器を使い始める。そして2000年ぐらい前になると人々は米を作るようになり、弥生時代へと変わってゆく。

米を作るようになると人々の暮らしは豊かになるが、今度は土地と水をめぐって村と村が争い始める。強い村が弱い村を亡ぼして大きくなると、国ができ上がり、そして国と国とが常に争う時代になる。戦いに疲れた王たちは、それぞれの国を一つにまとめて大きな国を作ろうとし、邪馬台国が誕生。邪馬台国の女王・卑弥呼は優れた予言の力をもち、国々を従えてゆく。

6世紀になると大和の国は王位を巡って豪族の間で争いが絶えなくなる。豪族たちは越前から男大迹王を迎えると、やがて大和を平定し大和朝廷が成立する。朝廷成立と前後して、大王や豪族たちを葬る前方後円の古墳が渡来人の力を借りて盛んに作られるように。中でも大きな力を有した仁徳天皇の古墳は、世界最大の土木工事と呼ばれるものとなる。

6世紀半ばに、朝鮮の百済から大和朝廷に仏像とお経が贈られてくる。これが物部氏と蘇我氏の対立に発展。ここに登場するのが聖徳太子である。仏教に深い理解を示し、政治に高い理想を持っていた太子は、我が国初めての女帝・推古天皇を補佐して、官位12階、憲法17条を制定し、中国の進んだ文化、政治を取り入れて国家の基礎を作っていく。

聖徳太子の死後、朝廷では蘇我氏の勢力が強くなり、蝦夷・入鹿親子が横暴を働き始める。そんな時、中大兄皇子と中臣鎌足（後の藤原鎌足）が出会い、二人は力を合わせて蘇我氏親子を亡ぼし、政治の実権を再び朝廷に取り戻す。二人は聖徳太子が理想とした天皇中心の中央集権国家を作るための政治改革を行っていく。

天智天皇の後継者は弟の大海人皇子が最有力だったが、天皇の死後、大海人皇子と天皇の子・大友皇子の対立が激しくなる。遂に大海人皇子が大友皇子を亡ぼすと、都を飛鳥に移した後、天武天皇となり天皇政を始める。天武天皇の死後は、皇后が持統天皇として即位し、日本最初の本格的な都・藤原京を建設し、夫の天武天皇の政治をさらに推し進める。

朝廷が都を奈良の平城京へ移すと、必要とされた莫大な費用と労力のために庶民が犠牲となる。仏教の信仰心が厚い聖武天皇と光明皇后は、こうした人たちを救うために施薬院や悲田院を作り、仏教の力を借りて社会不安を取り除こうと全国に国分寺を建て、更にその中心となる大仏を建立することに。

733年、遣唐使船に乗っていた栄叡と普照という二人の僧侶は、唐の国から徳の高い僧を招くという大事な役目を預かる。苦労の末、やっと鑑真という高僧にめぐり会うが、鑑真の日本渡航は嵐により度々失敗し、6度目にやっと日本へたどり着いた時には鑑真はすでに盲目になっていた。

8世紀半ば、藤原仲麻呂が太政大臣として政権を握っていた頃、弓削道鏡という男が僧侶として頭角を現し始める。道鏡は大きな権力を手に入れ、ついに仲麻呂を滅ぼすまでになるが、天皇になる野心を持っていることを知った和気清麻呂は、一身を投げ出し打ち砕こうとする。

7世紀半ば頃から長きに渡り東北地方の住民を支配しようとしていた朝廷に対し、地方民がはん乱を起こす。桓武天皇は坂上田村麻呂を征夷大将軍に任命し、蝦夷平定を命じる。その後、京都に平安京が誕生し、明治2年に東京に移るまで1100年に渡って続く都となる。

858年、藤原良房の孫に当たるわずか9歳の惟仁親王（後の清和天皇）が即位。そんな時、清涼殿の応天門が何者かに放火され、燃えるという事件がおきる。良房は対立していた大納言・伴善男を放火の犯人として追放し、臣下では初めての摂政の位につき、藤原一族の勢力は決定的なものとなる。

藤原氏が朝廷と姻戚関係を深めて権力をほしいままにしていく頃、菅原道真は宇多天皇に認められ出世していくが、藤原氏は道真を九州の大宰府に左遷する。道真はここで2年を過ごした末、無念のうちに59歳で世を去るが、京都の北野天満宮が道真を祀り、学問の神様としても有名となる。