南イタリアの都市、ネアポリス。風光明媚な観光地だが、ギャングが支配する街でもある。ジョースター家の宿敵・DIOの息子と思しき人物「汐華初流乃」を探すため、この街を訪れた広瀬康一は、青年ジョルノ・ジョバァーナと出会い、荷物を盗まれてしまう。その際、康一はジョルノこそが探していた「汐華初流乃」であり、同時に彼がスタンド使いであることをも知る。一方、ジョルノはギャングの「涙目のルカ」から因縁をつけられてトラブルになり、それが原因で同じくギャングのブローノ・ブチャラティから狙われることになる……。

涙目のルカに重傷を負わせた犯人を探るブチャラティは、スタンド「スティッキィ・フィンガーズ」の攻撃でジョルノを追い詰める。対するジョルノは、スタンド「ゴールド・エクスペリエンス」で応戦。ジョルノは戦いのなかで、ゴールド・エクスペリエンスに「生命を与える」能力だけでなく、攻撃した相手の「感覚だけを暴走させる」能力があることを知る。

「パッショーネ」に入団するというジョルノの覚悟を理解したブチャラティは、ジョルノに入団試験を受けさせる。試験を出すのは刑務所に収監中の幹部・ポルポ。ポルポはジョルノに炎が灯ったライターを渡し、24時間、炎を消さないよう命じる。しかし試験に臨むジョルノの前に、盗まれたパスポートを取り返すため、康一が現れた。

ライターの炎を再点火すると、突如、ポルポのスタンド「ブラック・サバス」が出現し、攻撃してきた。ジョルノは苦戦するも「ブラック・サバス」の弱点を見抜き、追ってきた康一と共に立ち向かう。その戦いの中で康一が「矢」の存在に気付き、ポルポの課した試験の狙いがスタンド能力の発現にあることを知る。

「パッショーネ」の入団試験に合格したジョルノは、ブチャラティの部下であるレオーネ・アバッキオ、グイード・ミスタ、ナランチャ・ギルガ、パンナコッタ・フーゴ と出会う。ジョルノを迎え入れたブチャラティチームの一行は、ポルポの隠し財産の100億リラを回収するため、カプリ島へと向かう。一方、噂を聞きつけた「パッショーネ」のギャング達も、ポルポの遺産を狙い動き始めていた。

カプリ島へ向かう船の上で、何者かからスタンド攻撃を受けたブチャラティ一行。ひとり、またひとりと船から消える中、隠れた敵の正体を暴くために、ジョルノは自ら攻撃を受ける。新入りを信用していないアバッキオだったが、ジョルノが覚悟を証明したことで、アバッキオはスタンド「ムーディー・ブルース」を発動。ナランチャに起こった出来事を「再生（リプレイ）」させ、ブチャラティと共に敵の能力の謎へと迫る。

ポルポの遺産を狙っていた組織の一員、ズッケェロを倒し、捕らえられていた仲間を救出したブチャラティ。しかしズッケェロは戦いに敗れる前に、ブチャラティたちがカプリ島へ向かっていることを仲間の男に無線で連絡していた。ムーディー・ブルースの能力でその男がすでにカプリ島で待ち伏せしていることを知ったジョルノとミスタは、船より先に島に上陸し、その男を始末すると提案する。

ジョルノと共にカプリ島に上陸したミスタは、ズッケェロの仲間・サーレーを発見。ミスタはスタンド「セックス・ピストルズ」の能力で撃った弾丸を操作し攻撃するが、サーレーのスタンド「クラフト・ワーク」の前に苦戦を強いられる。なんとか反撃を試みるミスタだったが、彼の手元には弾丸が「4発」しか残っておらず……。

ポルポの隠し財産である100億リラの回収に成功したブチャラティたち。そんな彼らの前に、組織の幹部ペリーコロが現れる。ブチャラティから100億リラを受け取ったペリーコロは、ブチャラティを幹部に昇進させ、さっそくボスからの命令を伝える。その内容は、ボスの娘トリッシュ・ウナを組織の裏切り者たちから護衛することだった。

ホルマジオのスタンド「リトル・フィート」の攻撃を受けたナランチャの身体は、少しずつ小さくなっていた。しかしナランチャはスタンド「エアロスミス」のレーダーを駆使し反撃。エアロスミスの激しい攻撃に追い詰められる中、ホルマジオは「暗殺者チーム」がボスから受けた屈辱の記憶を思い出していた……。

ボスの娘・トリッシュを狙うホルマジオは、リトル・フィートの能力でナランチャの身体を数センチまで縮ませ、捕獲。蜘蛛の入った瓶にナランチャを閉じ込め、トリッシュの居場所を問い詰める。絶体絶命の状況の中、『トリッシュを守る』という決意のもと、ナランチャはエアロスミスの銃弾を放ち、反撃を図る。

「暗殺者チーム」からトリッシュを守り安全に逃げるため、ブチャラティ達に下ったボスからの第二指令は、ポンペイ遺跡に隠されたある「乗り物」の鍵（キー）を回収することだった。指令に従い、ポンペイ遺跡へ回収に向かうジョルノ、アバッキオ、フーゴの3人。そしてフーゴは、遺跡の壁に不自然に掛けられた鏡の中に、怪しい人影を見つける……。