ドン平はある夜、墓場でバットを拾った。それは思った打球を打てる不思議なバットで、ドン平の野球チームはそのバットを使って勝ち続ける。しかし、そのバットはもともと妖怪チームのものだったのだ。奪還のため説得に向かった鬼太郎は、彼らにバットと命を賭けた試合を提案する。妖怪チームが不思議なボールを使ったため、バットの力も効き目を失いドン平たちの敗北は決定的となるが…。

子供たちが大勢倒れてしまう事件が発生した。鬼太郎はねずみ男から事件のことを聞き、調査に乗り出した。鬼太郎は怪しいギター弾きの男、野呂に目をつけるが、彼は夜叉に脅されて操られているだけだという。髪の毛のような姿で神出鬼没の夜叉を捕えるため、鬼太郎は自分が囮になり罠を仕掛けた。しかし、鬼太郎らに協力していた野呂こそが夜叉そのものだったのだ!

100年前に封印された妖怪たんたん坊、かまいたち、大口女が復活し、山中村を襲った。偶然村にやって来た鬼太郎は、村人たちを助けるため妖怪退治に向かう。途中鬼太郎はねずみ男に遭遇。彼が封印を解いてたんたん坊たちを目覚めさせてたことを知る。鬼太郎は強力な妖怪3体を相手に戦いを挑むが、ねずみ男に邪魔をされて苦戦する…。

パリで13人の美女を襲った吸血鬼ラ・セーヌが、鬼太郎を殺害するために日本にやって来た。ラ・セーヌはねずみ男を利用して鬼太郎を誘い出し、用心棒マンモスを使って鬼太郎を殺害する。だが、その後ラ・セーヌに鬼太郎のゲタがつきまとい始める。逃げ込んだ山奥の別荘にもゲタが! ラ・セーヌはゲタを焼き払おうとするが…。

ニューギニアで3億年前の大海獣が発見された。日本から派遣された探検隊の中には鬼太郎の姿もあった。隊長の上島博士は大海獣の血液採取に成功するが、暴れ出した大海獣によって探検隊は壊滅。鬼太郎と若き科学者・山田秀一だけが生き残った。名誉と大金に目がくらんだ秀一は大海獣の血を奪い、それを鬼太郎に注射。鬼太郎の体がみるみる大海獣へと変貌してゆく!

秀一は大海獣の血液を手土産に日本へ帰り着き、探検隊唯一の生き残りとしてもてはやされる。一方、大海獣となった鬼太郎も日本へたどり着くが、それが鬼太郎だとは目玉おやじでさえ分からなかった。秀一は保身のために鬼太郎抹殺を画策。その頃、秀一の妹の啓子は、彼女が渡したお守りを大海獣が持っていたことから、その正体に気付いた…。

ねずみ男のアイデアで、本物の妖怪たちが集まってスリラーショーをすることになった。妖怪たちは本物と気付かれぬようにお客の人間たちを驚かせるが、乱暴な二人の客・黒川と白山にいたずらされてしまう。鬼太郎が抗議したものの二人は耳を貸さず、その鬼太郎まで張り飛ばしてしまった。コブを作られ怒った鬼太郎は、同じ大きさのコブで仕返しをすると宣言し、ゆうれい電車を準備する…。

鬼太郎は街角の骨董品店でただならぬ妖気を感じた。妖気の源は古い鏡で、大山という男に買われていった。その夜、大山の家で娘のカオリが消え去った。鏡に潜む妖怪、鏡爺の仕業だ。調査に乗り出した鬼太郎は、姿を失ったカオリと遭遇。彼女は鏡爺に姿を奪われたという。鬼太郎は間もなく鏡爺を発見するが、戦いの最中に自身も姿を奪われてしまう!

忠助少年は、入れば帰れないという"入らずの山"に入った。案に相違して無事に帰ったものの、翌日突風に飛ばされてしまう。"入らずの山"に住む見上げ入道にさらわれたのだ。見上げ入道は人間や動物を妖怪に変える妖怪学校を開いていた。鬼太郎は見上げ入道に立ち向かうが、突風で霊界まで飛ばされてしまう!

人間にパーティー会場の寺院を壊されたために、西洋の妖怪たちが怒り出した。彼らは人間との共生をやめて妖怪の国を作ろうと、その地を日本に定める。バックベアードを大将に西洋妖怪軍団は日本を征服すべく、まず日本近海の鬼界ヶ島を占領しようとする。この動きを察知した鬼太郎はすぐさま日本妖怪の有志を募り、鬼界ヶ島へと乗り込んでゆく!

鬼太郎たちと西洋妖怪軍団の乱戦が続くなか、日本側は鬼太郎と目玉おやじ、西洋側はバックベアードと吸血鬼が残った。しかし鬼太郎はベアードの催眠術によって操られてしまう。ベアードは鬼太郎を知恵袋に日本征服作戦を練り直すが、ちゃんちゃんこが霊力を発揮し、ベアードの催眠術を打ち破る。鬼太郎は最後の反撃を開始する!

ぬらりひょんは人間の姿で社会に入り込み、悪事を繰り返していた。鬼太郎が動き出したことを知った彼は、先手をとって罠を仕掛けることにする。だが鬼太郎は、ぬらりひょんの右手に取り憑いて操ることで懲らしめる。困った彼は蛇骨ばばあの元に駆け込み、鬼太郎の術から逃れるために力を貸してもらうが…。