勉強は苦手だがスポーツ万能の美墨なぎさ。おしとやかな優等生の雪城ほのか。ふたりはそれぞれに目立つ存在ではあるものの、特に接点があるわけでもなく、ベローネ学院の中で別々の時間を送っていた。ある日、なぎさは自宅のベランダで流れ星を目撃。必死に願いごとを唱えると、その流れ星が落ちてきて…。

なぎさとほのか、二人のもとに現れたメップルとミップルは、邪悪な勢力・ドックゾーンに襲われた、光の園という異世界からやって来たのだった。七つのプリズムストーンを奪い、光の園を滅亡させようとする野望を、何としてでも阻止しなければならない。だが、話を聞いたなぎさとほのかの反応は正反対で…。

なぎさは学校の用事で、初めてほのかの家を訪れる。お屋敷の大人びた雰囲気に、驚きを隠せないなぎさ。二人はプリキュアになったことをきっかけに、少しずつ互いのことを知り始める。再会を果たしたメップルとミップルは、そこでプリズムストーンが狙われている理由や、プリキュアの使命について語る。

学校の社会科見学で、なぎさとほのかたちは美術館に出かけることになった。美術部で絵が大好きな少女・柏田真由は、マリオ・ピッカリーニという画家の描いた『星屑の晩餐会』という作品を見て欲しいらしい。その絵を見たミップルは、どこか懐かしい気がすると言う。画面によくよく目をこらしてみると…。

たび重なる失敗に後のなくなったピーサード。彼が必死の形相で地球に向かっていた頃、なぎさとほのかは二人で休日を楽しもうとしていた。恋人同士のメップルとミップルが、どうしても会いたいと引っ張ってきたのだ。遊んでいる間も、いまいち意見の合わない二人。そうして別れた途端、ピーサードが姿を現す。

取り戻したプリズムストーンを守るためには、プリズムホーピッシュという入れ物が必要らしい。失われたホーピッシュは、河童山の瓢箪池の近くにあるらしい。さっそく出かけた二人は、山道を歩いている途中、子熊が川に流されているのを発見する。思わず飛び込んだなぎさだが、彼女は何とカナヅチだった!

ラクロスの予選リーグ戦が始まった。応援に駆けつけたほのかの隣には、なぎさの憧れの人である藤P先輩こと、藤村省吾の姿があった。ふたりはどういう関係なのだろう? 気になって仕方のないなぎさは、凡ミスを連発。大事な試合に敗れてしまう。試合が終わった後も、ほのかに上手く接することができず…。

ラクロスの試合の日以来、なぎさとほのかの関係はギクシャクしっぱなし。なぎさはどうやら、藤村に想いを寄せているらしい…そのことに気づいたほのかは、なぎさを藤村に紹介。だが、良かれと思って言った一言に、なぎさは激怒。「あなたなんてプリキュアってだけで、友達でもなんでもないんだから!」と言い放つ。

メップルの具合が良くない様子。演技だと思って取り合わないなぎさだが、どうやら本当に病気になってしまったらしい。しかも教頭先生が、コミューンになっていたメップルを、校則で持ち込みを禁じられた携帯電話だと勘違い。容赦なく没収してしまった! 心配するなぎさは、変装して職員室に忍び込もうとするが…。

今日はほのかの誕生日。久しぶりに帰国した両親とも再会し、ほのかはいつになく幸せそうだ。たくさん想い出をつくろうと計画していたのだが、いざ遊びに出かけようとすると、両親の携帯に仕事の電話が入ってきてしまう。一行は仕方なく、商用のために宝石店へ。ところがその店に、強盗団が押し入ってくる!

なぎさは弟の亮太にほのかを加えた三人で、水族館に行くことになった。楽しく見て歩いていた一行に、予想もしなかった恐怖が襲いかかる。悠然と泳いでいた鮫が、突如として水槽のガラスに体当たりを始めたのだ。ついにガラスは壊れ、巨大な鮫の群れが三人に向かって突進してくる。出口を捜して逃げ惑う三人は…。

ゲキドラーゴを倒したのも束の間、ドックゾーンの支配者・ジャアクキングは、新たな刺客を送り込んできた。頭脳的な作戦を得意とするポイズニーだ。なぎさの大好物がチョコレートだと知ったポイズニーは、販売員に変装してなぎさを呼び止め、新商品で気を惹いている隙にコミューンを偽物とすり替えてしまう。